阿贝尔，冈斯曾说：“构成影片的不是画面，而是画面的灵魂。”导演沃卓斯基姐弟运用复调叙事的手法，延续《黑客帝国》《V字仇杀队》对人性和自由的追求的同时，站在更宏大角度上以多种线索表达同一主题：人类文明的轮回与救赎。善与恶的碰撞，人性与理智的对垒，左右着个体的选择；而种种独立的行为在蝴蝶作用的催化下，书写成一部跌宕起伏的人类文明史。
轮回：自私本性下的集体宿命
人类文明的进程并非线性，而是轮回。全片核心即是历史的循环往复，通过起源、繁荣、衰败和重生，证明文明只是更替，而不是一往无前的进步。每段故事放入宏观的叙事背景下，都是一个全新的开端，深藏对时间的恐惧和绝望，无限延伸，却没有尽头，寄寓了导演对人类社会的悲观预想及对人性的反思。正如路易莎所说“我们总在重复犯同样的错误”，其根源在于人性的自私。
贪婪是自私的第一个孩子。米兰，昆德拉曾说，物质世界的丰富不但没有满足人的贪欲，贪欲反而跟随世界的进步一起成长。电影中六个故事的逻辑无一例外，均由“弱肉强食”的法则开始。第二个故事中，尤恩去找古斯医生。镜头从尤恩的背后由远及近，画面基调明亮；而当他面对医生和汹涌的海浪时，镜头里是医生的特写，主色调也由天蓝色变成灰色，衬托淘“价值不菲的”的牙齿时的贪婪的神情。医生给尤恩喂药的画面里，镜头给医生一个侧面的俯拍，昏暗的色调下，医生不易察觉地笑了一下，暗示钱财驱使下的不同寻常的举动。第四个故事中的奥罗拉公寓，是“公司化社会”——盲目追求利益最大化发展出的畸形形态的缩影。没有什么比自私的利益更能把人们联结起来，家庭因此而分化，丧失劳动力的老人如囚禁监狱。
奴役是贪婪的同胞兄弟，只要人对控制异己的权力意志仍然强烈，它总可以找到得以寄生的制度。真正的奴役是思想上的奴役。对于克隆人而言，他们的所有能动性都符合“为人服务”的目的，唯一“多余的想法”就是服务期满12年后达到“乐园”。在一个分化严重的物欲社会，一方面从物质上使个体变得低微和脆弱，另一方面在精神上用“成为特例”加以软化--让被奴役的人具有幻想。这种可追求的“自由”使他们更安分地认可现实，从而更容易被驾驭。由故事五中奴役克隆人到故事六中人类的沉沦，实质上是人类本性中的恶压过理智的过程。人类视过分的自私为合理，不再客观分析时，社会便“合理”地走向覆灭。
人性和约束人性的制度没有本质变化，人类仍难逃“兴起-覆灭-重生”往复的集体宿命。与《党同伐异》类似的是，影片将6个故事进行零碎化切割，呈现出彼此交叉的格局，以情绪上的相同巧妙掩盖时间上的差异，最终各个故事如百川归海汇聚一齐，彰显无可避免的悲凉的宿命感。另外，主人公身上的“彗星”胎记也作为一种具象符号，暗示人物的连贯性。
救赎：爱和信仰的反抗
《云图》继承了《黑客帝国》《V字仇杀队》对奴役、自由、反抗的探讨，进而衍生出新的主题：救赎。六个故事在组成悲剧色彩的循环外，也给人留有希望：爱和信仰。
尤恩挣脱古斯医生的迫害、拯救奥拓华，是对黑奴制的反抗；落拓音乐才子弗罗比舍饮弹自尽，徒留一曲《云图六重奏》，是对世俗权威的反抗；路易莎不惧威胁，执着于将商业阴谋大白于天下，是对恶势力的反抗；编辑卡文迪许成功“飞越老人院”，是对统治体系的反抗；星美点燃革命，收获爱情，是对蒙蔽的反抗；先知麦克西姆寻找失落的文明，扎克里目睹家园被毁，终于奋起斗争，战胜心魔老乔吉，是对野蛮的反抗。每个故事里，斗争最终转化为互助或共生，表达对自私天性的否认。
彗星胎记代表反叛精神和自由意识。人物在自己为主角的那一世才会带有这种胎记。他们并非救世主，而是被恶势力和统治阶级压迫得最残酷的一类人。
与《V字仇杀队》中的V和《黑客帝国》中的尼奥相比，《云图》中的反抗呈现出崭新的面貌：由个人英雄主义的相对狭隘，进化到更具普遍意义的民众集体暴动，这更体现出影片里的深层涵义：历史和轮回不会绕过任何一个个体，它们作用于一切人类和文明。星美本来是体制流水线的产物，但集体意识的滞后和禁锢，最终被个人意识的激增所突破，从而挑衅了整个充满假象的乌托邦。
影片里的文明史是一个不以个体意志为转移的客观过程。无论主角与否，都是社会的一张多米诺骨牌——一旦第一张牌倒下，整个奔向救赎的过程就不可避免。第一张牌即是反抗意识，唤醒沉睡的爱和信仰，正如片中所言，“没有这一滴一滴水，又怎么会有无际的海洋？”
历史：个体选择的蝴蝶效应
影片取名“云图”，意味着预测性而非决定性，也意味着层次性的变化图景。恐惧、信仰、爱。这些都决定着人生走向。每件罪行、每件善举，在蝴蝶效应的催化下，都造就了人类的未来。个体基于人性的选择在与环境的互动中书写着历史。
尤恩因自己的善举解救黑奴而最终被他拯救；路易莎因坚持自己作为记者的原则冒着生命危险揭露真相，最终成为英雄；卡文迪什在逃离曙光之家时不忘解救落单的米克斯先生，以致后来在酒馆被米克斯先生解救；星美在张海柱的影响下完全解放了自己的独立意识，也作为复制人的代表点燃了革命；扎克里带领先知去灵魂山并在途中救了她，回去遭遇科纳人袭击时也被其所救。
彗星胎记是永恒轮回中个体生命的遭遇在历史中再现的一致性体现，共同汇集成文明进程的趋势，正如片中所言，“我们的生命和我们的选择，就像量子轨迹，只有理解了这一刻，才能理解下一刻。在每一个交叉点上，每一次遭遇，都蕴含了一个新的或者潜在的方向。”
瑞典导演伯格曼曾说，没有什么艺术比电影更像音乐的了。 影片《云图》如一曲奇异的六重奏，讲述着人类文明的轮回与救赎，个体的选择与集体的命运。蒙太奇手法的广泛使用，令叙事节奏充满变化，使影片能在更短时间内容纳更广的时空，从而取得六个“一”相加大于六的结果。
